La progression des Européens provoqua le sursaut des Beni 
Saad ou Saadiens. Se donnant pour descendants du Prophète, 
ces chérifs ou chorfas (titre donné aux descendants de Mahomet 
par Ali et Fatima) étaient établis au sud, dans la vallée du Sous, 
autour de Taroudant. Ils menèrent la guerre sainte contre 
les Portugais, qu'ils chassèrent d'Agadir en 1541, puis de Safi. 
Ils s'attaquèrent ensuite aux successeurs des Mérinides, 
les Wattassides. En 1549, ils s'emparèrent de Fès. 
Les Wattassides demandèrent l'aide des Turcs présents en Algérie, 
mais les Saadiens se rendirent maîtres du pays en 1554. 
Pour faire pièce aux Turcs ottomans, qui souhaitaient étendre leur 
domination sur tout le Maghreb, les sultans saadiens adoptèrent 
une politique d'équilibre entre ceux-ci et les Occidentaux.
En 1578, le soutien donné par le jeune roi du Portugal, Sébastien, 
à un prétendant au trône du Maroc se solda par un désastre et livra 
le Portugal, dont le roi avait été tué, aux convoitises de l'Espagne. 
En 1591, les Saadiens, souhaitant obtenir les mines de sel 
du Sahara et l'or du Soudan, lancèrent une expédition à travers 
le désert contre l'Empire songhaï, établi dans la vallée du Niger. 
Le sultan Ahmed el-Mansour n'en retira pas l'argent espéré, mais 
les nationalistes marocains s'appuyeront par la suite sur cette 
conquête pour revendiquer toute la région comprise entre le Maroc 
et les rives septentrionales du Niger (nord-Mali) et du Sénégal 
(Mauritanie) à l'époque des indépendances africaines en 1960. 
Le pays bénéficia considérablement de l'immigration de près 
d'un million de Morisques (Maures) et de juifs expulsés d'Espagne 
après 1492. Le Maroc saadien 
était unifié et relativement prospère!; l'architecture et les arts 
marocains connurent un essor notable à cette époque.
Peu après l'arrivée des premiers Saadiens d'Arabie, 
des immigrants se réclamant de la descendance d'Hassan, 
l'un des deux fils d'Ali, s'étaient installés dans le Tafilalet, 
aux portes du désert. Utilisant le prestige que leur accordait cette 
ascendance alaouite, ils s'appuyèrent sur le désir d'indépendance 
des habitants de la région pour se poser en prétendants 
au trône, au milieu du XVIIe siècle. Les Alaouites règnent encore 
de nos jours sur le Maroc.
La dynastie connut son apogée sous Moulay Ismaïl, le bâtisseur de 
Meknès. Il s'engagea dans la reconquête du pays sur les chrétiens 
et mena la lutte contre les Ottomans. Son règne fut suivi 
d'une longue période de rivalités familiales, ponctuées de brefs 
interludes de paix et de prospérité relatives. A  la fin du XVIIIe 
siècle, seul le tiers septentrional du Maroc restait soumis 
à l'administration du sultan : 
c'était le Bled el-Maghzen, pays soumis à l'impôt, donc à l'autorité 
chérifienne, tandis que le reste du pays restait en état de quasi-
insoumission (Bled el-Siba, pays de la dissidence).